目前负压风机过滤器单元一般采用单相多速交流电机、三相多速交流电机和直流电机。电机的供电电压大致有110V、220V、270V、380V四种。其控制方式主要分为以下几种:
1.多档开关控制系统，此系统只包括负压风机过滤器单元自带的一个调速开关和一个电源开关。由于控制元件为负压风机过滤器单元自带，分布在洁净室吊顶内的各个位置，工作人员必须在现场通过拨挡开关来调节负压风机过滤器单元，控制起来极不方便，而且负压风机过滤器单元的风速可调范围有限，仅限于几档。采用多档开关控制方式优点是控制简单、成本低，但存在许多缺陷，比如能耗大、不能平滑调速、没有反馈信号、不能实现灵活的组群控制等。
2.连续速度调节控制，此系统连续速度调节控制与多档开关控制方式相比，多了一个连续速度调节器,使负压风机过滤器单元风机转速连续可调，但同时也牺牲了电机效率，使其能耗比多档开关控制方式还要高。
3.计算机控制，此系统与前面两种方式相比，计算机控制方式先进的功能不但可以采用集散型控制方式，能够很方便的实现负压风机过滤器单元的集中监测和控制，而且还可以方便的实现负压风机过滤器单元的单台、多台及分区控制。另外可以设置控制系统预留通信接口，可与上位机或网络进行通讯，从而实现远程通信和管理功能。
4.遥控控制，此系统遥控控制方式作为计算机控制方式的一种补充，可使用遥控器对每台负压风机过滤器单元进行控制，与计算机控制方式相辅相成。这几种控制方式在选择时要根据实际情况进行选用。
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