利用负压风机过滤单元独立性的结构特点，可随时调整，弥补洁净室机动性不足，从而解决了生产工艺不宜调整的缺点。
洁净房间的维护结构一般为金属壁板制作，一般建成后布局不能随意改动，但由于生产工艺的不断更新，使得原有的厂房洁净度布局不能满足新工艺的需求，导致洁净厂房由于产品换代而需要频繁改动，大量浪费财力、物力。如果通过增减负压风机过滤单元数量的方法，就可以局部调整房间的洁净度布局，用以满足工艺的改动，而且负压风机过滤单元自带动力、风口、灯具，从而可以节省大量的投资。这对于通常集中送风的净化系统来说几乎是不可能达到同样效果的。
负压风机过滤单元系统节能显著，从而解决了空调机房庞大、空调机组运行费用增高的集中送风的缺点。
如果面积较大厂房的个别洁净间有较高洁净级别的需求，那么势必集中送风的空调机组风量较大，风机压头较高，才能克服风管管道的阻力，以及初效、中效、高效过滤器的阻力，才能满足这些房间洁净度的需求，这样会导致空调整体运行费用增高，而那些较高洁净级别的房间的洁净度效果却未必能满足需求。而且集中送风系统只要空调机出现故障，就会造成这台空调机所涉及的全部洁净室停止运行。
负压风机过滤单元送风系统的静压箱为负压，因此即使风口安装存在泄漏，也是从洁净室向静压箱泄漏，不会形成对洁净室的污染。
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